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BUNSEN本生帶您解讀:PCR實驗耗材
什么是聚合酶鏈式反應(yīng)?
聚合酶鏈式反應(yīng)(polymerase chain reaction,PCR)是一項用于放大擴增特定的DNA片段的分子生物學(xué)技術(shù),它是在DNA聚合酶和核苷酸底物共同參與下,將該段DNA擴增至足夠數(shù)量,以便進行結(jié)構(gòu)和功能分析。
影響PCR實驗的因素之一——耗材
在PCR實驗中,影響擴增效果的因素有很多。我們能想到的有dNTP的質(zhì)量與濃度、模板核酸的量與純化程度、引物的設(shè)計、DNA聚合酶的濃度、擴增長度等問題。 實際上,使用的耗材也可能會影響實驗結(jié)果,而這往往被我們所忽略。因此在選擇實驗耗材前,我們還需要了解PCR耗材相關(guān)的特性和術(shù)語。
如何選擇合適的PCR耗材?
1、原材料
PCR/qPCR耗材一般都是聚丙烯(PP)材質(zhì)。
因其為生物學(xué)惰性材料,表面不易粘附生物分子,且有著良好的化學(xué)耐性,及溫度耐受性 (可121℃高壓滅菌,也可以承受熱循環(huán)過程中的溫度變化)。這些材料通常會與試劑或者樣品直接接觸,因而在生產(chǎn)制備過程中需要選用高質(zhì)量的材料和良好的加工工藝。
2、選擇合適的容積
PCR管的體積規(guī)格大多數(shù)都可以滿足PCR反應(yīng)要求。但是在滿足實驗要求的基礎(chǔ)上,優(yōu)先推薦選用低容管。因為低容反應(yīng)管/板有著較小的上方空間,可提高熱傳導(dǎo)率并降低蒸發(fā)。而且在加樣時,需要避免加樣過量或過少。過量會導(dǎo)致熱傳導(dǎo)率下降,溢出及交叉污染,而加樣過少可能會造成樣品蒸發(fā)損失。
3、本生PCR管管蓋的選擇
平蓋與凸蓋各有優(yōu)勢:
平蓋可為qPCR提供精確的熒光信號傳遞;便于書寫標記;合蓋容易,密封性好,易于操作。
凸蓋與PCR儀熱蓋接觸,減少壓力引起的反應(yīng)管變形,更好的防止液體蒸發(fā)。但會影響熒光信號傳遞,無法應(yīng)用于qPCR實驗。
4、96孔板裙邊的選擇
無裙邊板:可適用于大多數(shù)的PCR儀或qPCR儀,但不適用于自動化、應(yīng)用。移液過程中穩(wěn)定性不高,需要配合板托使用。
半裙邊板:可適配標簽或應(yīng)用條碼,適合自動化應(yīng)用,且有著較好的移液穩(wěn)定性。
本生全裙邊板:非常適用于自動化實驗應(yīng)用,也可適配標簽及應(yīng)用條碼。機械強度較好,可適用于凸出模塊的PCR儀,且移液過程中穩(wěn)定性高。
5、根據(jù)實驗選擇耗材
根據(jù)檢測方法的不同,耗材的選擇也不同。PCR實驗分為普通PCR法和熒光定量PCR法。普通PCR法一般是終點PCR跑膠法測定,所以所用耗材的導(dǎo)熱性和密封性和實驗結(jié)果有著密不可分的關(guān)系;而熒光定量PCR是實時檢測熒光信號,除了導(dǎo)熱性和密封性外,對透光性和避光性也有所要求。
熒光定量PCR耗材:
導(dǎo)熱性:導(dǎo)熱性越好越均一,PCR的速度就越快,準確度也越高。
密封性:密封性越好,產(chǎn)物的揮發(fā)越少,得到的產(chǎn)物就越多,同時氣溶膠的產(chǎn)生也越少,對于下一輪實驗的污染也就越少,也就意味著假陽性的產(chǎn)生率越低。
避光性:這是針對熒光定量而言的,如果我們在整個實驗過程中沒注意避光,帶有熒光的試劑過度被消耗,那直接就會影響我們實驗的擴增效率,導(dǎo)致產(chǎn)生不準確的結(jié)果。
透光性:這也是對于熒光定量而言,我們知道它是一種實時定量的方式,那么耗材本身的透光性就直接關(guān)系到我們檢測到的熒光信號多少。如果選擇耗材透光性良好,需要檢測到的信號就會變得微弱,那就會造成我們對結(jié)果的誤判。所以對于熒光定量而言,白色PCR板效果優(yōu)于透明PCR板。
PCR實驗耗材 本生公司產(chǎn)品種類已超過萬種,正廣泛應(yīng)用于科研院校、中心實驗室、分子生物學(xué)等科研域。公司豐富的產(chǎn)品既能滿足研發(fā)類客戶對產(chǎn)品種類、包裝的特殊要求,也能滿足生產(chǎn)型企業(yè)從小試、中試到規(guī)模化生產(chǎn)各個階段的綜合需求。
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